Kainatın, Tanrılar tarafından bölüşüldüğü çağlarda, Medusa adında güzelliğiyle herkesi kıskandıran, aynı zamanda bütün tanrıları kendisine aşık eden bir kız yaşarmış. Medusa o kadar güzel bir kızmış ki yeryüzünde güzelliğiyle ona rakip olabilecek başka bir kadın bulmak mümkün değilmiş. Bu yüzden derlermiş ki, yeryüzünde bütün kadınlar bu güzelliği yüzünden Medusa'yı kıskanırmış. İşte bu güzel Medusa kendisine Tanrılara adamış ve iki kız kardeşi ile birlikte baş Tanrı Zeus'un en sevdiği kızı zeka Tanrıçası Athena’ya ait bir tapınakta yaşarmış.
Phorkus ve Keto'nun kızları olan bu üç kız kardeşten Medusa'nın haricinde diğer ikisi ölümsüzmüş. Kendi tapınağında yaşayan bu güzel kızı gören Athena da kızın güzelliğinden etkilenmiş ama kendisini daha güzel ve çok daha zeki bulduğu için de pek fazla önemsememiş. Athena, Baştanrı Zeus’un kardeşi olan denizlerin efendisi büyük Poseidon ile birlikteymiş. Güçlü ve ölümsüz, büyük Tanrı Poseidon da karısı Athena’nın tapınağında yaşayan bu güzeller güzeli kızın farkındaymış ama Tanrılar katında bir ölümlüye aşık olduğu ve küçümsenmekten de korktuğu için de gizliyormuş ona olan ilgisini.
Bir gün Athena her şeyi bilen baş Tanrı Zeus'un izniyle öğrenmiş Poseidon'un Medusa'ya karşı ilgisini. Poseidon bunu şiddetle reddetmiş ve Tanrıça Athena'ya da yeryüzü ve gökyüzünde ondan daha güzel ve alımlı hiçbir canlının olmadığı üzerine yeminler etmiş. Athena da Poseidon'un bu söylediklerine inanarak olayı çok fazla büyütmemiş. Poseidon, Athena'ya öyle demiş demesine ancak yine de bir türlü çıkaramıyormuş aklından dünyalar güzeli Medusa'yı. Medusa tutkusu yüzünden Poseidon aklını kaçıracak gibi oluyormuş. Sonunda denizlerin büyük tanrısı bu tutkusuna yenik düşmüş ve bir gün gizlice girdiği sevgilisi Athena'nın tapınağında, güzeller güzeli Medusa’ya zorla sahip olmuş. Dünyalar güzeli Medusa harap bir halde tapınakta kalmaya devam ediyormuş, ama bu olayı Athena’nın duyması da fazla zaman almamış.
Bir gün Athena her şeyi bilen baş Tanrı Zeus'un izniyle öğrenmiş Poseidon'un Medusa'ya karşı ilgisini. Poseidon bunu şiddetle reddetmiş ve Tanrıça Athena'ya da yeryüzü ve gökyüzünde ondan daha güzel ve alımlı hiçbir canlının olmadığı üzerine yeminler etmiş. Athena da Poseidon'un bu söylediklerine inanarak olayı çok fazla büyütmemiş. Poseidon, Athena'ya öyle demiş demesine ancak yine de bir türlü çıkaramıyormuş aklından dünyalar güzeli Medusa'yı. Medusa tutkusu yüzünden Poseidon aklını kaçıracak gibi oluyormuş. Sonunda denizlerin büyük tanrısı bu tutkusuna yenik düşmüş ve bir gün gizlice girdiği sevgilisi Athena'nın tapınağında, güzeller güzeli Medusa’ya zorla sahip olmuş. Dünyalar güzeli Medusa harap bir halde tapınakta kalmaya devam ediyormuş, ama bu olayı Athena’nın duyması da fazla zaman almamış.
Athena, güçlü Poseidon’un bu yaptığı karşısında kendisini aşağılanmış hissetmiş. Bu hissi önce derin bir kıskançlığa, sonra da büyük bir sinire dönüşmüş. Öyle hiddetlenmiş,öyle hiddetlenmiş ki Medusa'yı çok acı bir şekilde cezalandırmaya karar vermiş ve kendi kendine demiş ki “Öyle birden öldürmeyeceğim onu ve kardeşlerini, onlara da önce büyük acılar çektirmeliyim.Tıpkı benim çektiğim gibi.” Ve bu sinirle Medusa ve kız kardeşlerini birer ifrite (Gorgon) çevirivermiş.
Dünyalar güzeli Medusa ve kız kardeşlerinin artık yüzleri o kadar çirkinmiş ki kimse bakmaya tahammül bile edemiyormuş. Medusa'nın gören herkesi bir mecnuna çeviren, en ufak bir yelde bile bütün telleri havalanan o güzelim saçlarının her bir teli bir yılana dönüşmüş. Bununla da yatışmayan Athena’nın siniri Medusa'ya yine de bakmaya çalışan herkesi o bakışların taşa çevirmesini sağlamış.
Gel zaman git zaman Athena bu cezayla da yetinmemiş ve Medusa'yı öldürmek için Argos Kralı Akrisios'un kızı Danae'nin, Zeus'tan olma oğlu Perseus'la, yani üvey kardeşiyle işbirliği yaparak Medusa'nın kafasını kesmeye karar vermiş. Perseus üvey kız kardeşinin bu isteğini hemen yerine getirerek ışıltılar saçıp insanların gözlerini kamaştıran keskin kılıcını savurduğu gibi zavallı Medusa'nın yılan saçlı kafasını bedeninden ayırıvermiş.
Ancak Athena’nın bilmediği bir şey varmış. Güzel Medusa, Poseidon'un kendisine zorla sahip olduğu gece denizlerin kudretli Tanrısından hamile kalmış. Perseus'un gözleri kamaştıran kılıcı Medusa'nın kafasını bedeninden ayırdığı anda Poseidon'un Medusa'nın rahmine bıraktığı çocukları Pegasus ve Chrsyar, Medusa'nın cansız bedeninden dışarı çıkıvermişler.
Medusa'dan sıçrayan kan damlaları Libya çöllerine düşer ve birer yılana dönüşürler. Perseus, Medusa’nın kesik kafasını alır gider. Athena ise Medusa’nın derisini yüzüp Aegis'in markası yapar. İki damla kanını kral Erichthonius'a hediye eder. Bu iki damla kandan biri öldürücü zehirdir,diğeri ise panzehirdir, tüm hastalıklara deva olmaktadır.
Medusa’nın kafası şu an Yerebetan Sarayı'nda saklanıyor.